In Deutschland gibt es eine breite Organisationsstruktur zur Bildung und Forschungen. Die Forschungseinrichtungen sind einerseits auf die Subventionen der zuständigen Bundes- und Landesministerien angewiesen und anderseits auf private Mäzene fokussiert. Es gibt in Deutschland die zentrale Verwaltungsorganisation der Wissenschaft, die Deutsche Forschungsgemeinschaft, mit Sitz in Bonn. Sie fördert die Forschung in allen Bereichen. Der Organisation gehören zahlreiche Universitäten, wissenschaftliche Akademien oder Forschungseinrichtungen wie die Max-Plank-Gesellschaft, die Frauenhofer-Gesellschaft oder das Deutsche Krebsforschungszentrum an. Die Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung, ist die größte Forschungseinrichtung für angewandte Forschung in Europa, die Ende der 1940er gegründet wurde und Forschungseinrichtungen in ganz Deutschland betreibt. Hier fließen sowohl staatliche Förderungen mit ein, als auch Erträge aus der Wirtschaft. Die Wirtschaftserträge spielen in der wirtschaftlichen Ausstattung der Gesellschaft eine zentrale Rolle. Die 56 Institute in Deutschland umfassen einen breiten Bereich in der Forschung. Das Spektrum reicht von angewandter Informationstechnik bis zur Zelltherapie und Immunologie. Der Grundlagenforschung, in Zusammenarbeit mit zahlreichen deutschen Universitäten, widmet sich die May-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaft, die ihren Verwaltungssitz in Berlin hat. Hier werden die Natur-, Sozial- und Geisteswissenschaften in der Forschung unterstütz. In der Grundlagenforschung hat die Gesellschaft einen überragenden internationalen Ruf. Die Gesellschaft unterhält 80 Institute und unterstützt auch junge Nachwuchsforscher in den Projekten. Sie kooperiert auch selbstständig mit ausländischen Forschungseinrichtungen wie Universitäten. Insgesamt hat die Forschungsgesellschaft über 12.000 Mitarbeiter und finanziert sich vor allem über öffentliche Fördergelder. Ein Teil erwirtschaftet die Organisation über die Mitgliedsbeiträge oder Spenden. Der jährliche Etat umfasst rund anderthalb Milliarden Euro.
Neben den genannten Einrichtungen gibt es auch zahlreiche Akademien für Wissenschaften in Deutschland. Es handelt sich hier um Körperschaften des öffentlichen Rechts, die sich auf die Förderung der Wissenschaft verschrieben haben. Solche Akademien gibt es zum Beispiel in München, Mainz, Heidelberg oder Leipzig. In Deutschland gibt es auch spezialisierte Forschungszentren, zum Beispiel das Forschungszentrum Jülich für die Bereiche Gesundheit, Energie und Umwelt- oder das Forschungszentrum in Karlsruhe, das eines der größten natur- und ingenieurswissenschaftlichen Forschungseinrichtungen in Europa ist. Im Bereich der Energie setzt sich Forschungszentrum mit der Kernenergie, vor allem im Bereich der Sicherheitstechnik, auseinander. International angesehen ist auch das Deutsche Forschungszentrum für Luft- und Raumfahrt in Köln, das Anfang des 20. Jahrhunderts bereits gegründet wurde. Die DLR ist in Deutschland an 13 Standorten vertreten, zum Beispiel in Berlin, Bonn, Hamburg oder Stuttgart. Es gibt in jedem Land nationale Raumfahrtorganisationen, zum Beispiel in den USA, die National Aeronautics and Space Administration (NASA).
In Deutschland ist der Wissenschaftsrat das wichtigste Beratungsgremium bei wissenschaftspolitischen Fragen. Beratungen finden hier auch in Bezug auf die Förderung der Forschungseinrichtungen statt. Wissenschaftler sind hier ebenso repräsentiert wie politische Vertreter aus Bund und Ländern. Der Wissenschaftsrat sieht sich als höchster Vermittler zwischen der Wissenschaft und der Politik. Hier gibt es auch das Gremium des Forschungsausschusses, der zum Beispiel Fragen der Förderungsorganisation beleuchtet. Dies betrifft die Hochschulen ebenso wie andere Förderungseinrichtungen. Fragestellungen und Empfehlungen beziehen sich hier nicht nur auf die nationalen Forschungsorganisationen, sondern auch auf Fragen des europäischen Forschungsraums und der internationalen Kooperation.