Zahlreiche Muscheln werden heute als Nahrungsmittel und Delikatessen vertrieben. Zu den beliebtesten Muscheln als Delikatesse gehören die Miesmuscheln. Miesmuschelarten kommen unter anderem in der Nord- und Ostsee oder dem Mittelmeer vor. Vor allem an den deutschen, niederländischen und italienischen Küsten werden die Miesmuscheln kultiviert. Fast die Hälfte aller Miesmuscheln, die in den europäischen Handel kommen, kommen aus Aquakulturen aus der autonomen Gemeinschaft Galicien in Spanien und gehören der Art Mytilus galloprovincialis (dt. Mittelmeer-Muschel) an. Sie werden bis zu 15 cm groß und kommen ursprünglich aus dem Mittelmeer, der Adria oder dem Schwarzen Meer. Heute sind sie als Zuchtmuscheln weltweit verbreitet. In Asian gibt es große Aquakulturen in Japan und China. Insgesamt kommen jährlich über 500.000 Tonnen an Miesmuscheln in den europäischen Handel. Zum Verzehr müssen die Miesmuscheln lebend und das Gehäuse geschlossen sein, sonst droht eine Muschelvergiftung. Auf Grund des hohen Eiweißgehaltes der Miesmuscheln kann es bei einigen Menschen zu Allergien kommen. Miesmuscheln aus dem Norden werden zum Beispiel im Feinkostbereich von September bis Mai angeboten. Zu den schmackhaftesten Muscheln gehören die Jakobmuscheln. Jakobsmuscheln oder Pilgermuscheln kommen an der Atlantikküste vor. Vor allem die Fanggebiete vor Irland und Schottland sind für die großen Jakobsmuscheln bekannt, die unter anderem das ganze Jahr tiefgefroren angeboten werden. Die Fangsaison beginnt in den britischen Gewässern im November und endet im März. Das die Muscheln im Winter gefangen werden hängt damit zusammen, das pro Stunde rund zwei Liter Meereswasser durch die Muscheln geschleust werden. Die Nährstoffe werden von den Muscheln herausgefiltert. Im Sommer, wo zum Beispiel die Algenbildung besonders groß ist, filtern die Muscheln auch Gifte, wie das Nervengift Saxitoxin heraus, was für die Schalentiere ungefährlich ist, allerdings für den Menschen gesundheitliche Konsequenzen haben kann. Toxische Schalentiere können bei Menschen lebensbedrohliche Komplikationen auslösen. Muschelvergiftungen durch toxische Muscheln wie Austern oder Jakobsmuscheln kennt man international unter dem Syndrom-Namen Paralytic Shellfish Poisoning (PSP).
Wer sicher gehen will, dass die Muscheln frisch und sicher zubereitet werden, der sollte in gehobene Restaurants gehen, wo man sich mit der Qualität und der Zubereitung der Muscheln auskennt. Jakobsmuscheln haben meistens einen leicht süßlichen und nussigen Geschmack und sind bei Gourmets besonders beliebt. Jakobsmuscheln, die zur Gattung der Kammermuscheln gehören, kommen artverwandt aus Züchtungen aus Chile. Chile ist eines der führenden Länder in Amerika für Fisch- und Meeresfrüchtespezialitäten. Zu den beliebten Muscheln im Feinkostbereich gehören auch die Austern (siehe Artikel Austern). Zu den bekannten Meeresfrüchten im Delikatessenhandel gehört auch die Venusmuschel. Die Venusmuschel ist vor allem sehr mineralhaltig und für ihren geringen Fettanteil bekannt. Die schmackhafte Venusmuschel kommt vor allem als Importware aus Ländern wie Italien nach Deutschland. Auch Venusmuscheln müssen lebend und geschlossen zubereitet werden und sind in Italien bekannt zu vielen Teigwarengerichten. Venusmuscheln werden auch gerne zu feinen Suppen mit Fisch und anderen Meeresfrüchten verwendet. Wie Austern kann man die Venusmuscheln auch roh schlürfen.