Ein Großteil der Voice over IP Software arbeitet mit SIP. SIP steht für Session Initiation Protocol und steuert den Aufbau der Verbindung bis hin zum Abbau am Gesprächsende. SIP ist das bei Voice over IP am weitesten verbreitete Protokoll, obwohl es zahlreiche Softwarelösungen gibt, die ein eigenes Protokoll verwenden. Das ist vor allem bei der Clientsoftware immer abhängig von den Bedingungen, die das jeweilige Betriebssystem zur Verfügung stellt. Die Funktionsweise der Voice over IP Software ist überall ähnlich. Anlagog aufgezeichnete Sprache muss digitalisiert und anschließend adressiert und in geeigneter Form verschickt werden. Der Vorteil dieser Voice over IP Software ist, dass sie die Daten an der Gegenstelle immer gleich bis in die entsprechende Anwendung schleust. Nachteil bei einigen Softwarelösungen ist die fehlende Kompatibilität.
Die Software kann oft sowohl mit Linux, als auch mit Mac OS und Windows zusammen arbeiten. Sie ist andererseits jedoch teilweise als kostenpflichtige und aber auch als freie Version verfügbar. Es gibt auch Programme, die mit einem eigenen Protokoll arbeiteen und als Freeware bereit gestellt werdem. Das Problem ist allerdings, dass durch das integere Signalisierungs- und Übertragungsprotokoll sowohl Sender als auch Empfänger die gleiche Voice over IP Software benutzen müssen. Vorteil ist, dass es auch auf Pocket PCs und dem Mobiltelefon benutzt werden kann und so einen großen potentiellen Nutzerkreis besitzt.
Der Messenger als Voice over IP Software ist dort schon deutlich flexibler. Neben einem programmeigenen Protokoll kann er auch mit SIP und RTP arbeiten. Er ist allerdings nur für Betriebssysteme ab Windows 2000 verfügbar, eignet sich jedoch besonders gut, wenn man häufig von Menschen kontaktiert wird, die andere Versionen von Voice over IP Software benutzen, die mit universellen Protokollen bei der Umwandlung, Kodierung und Kompression der Sprachdaten arbeiten. Ein Messenger kann als kostenfreies Add on zum Betriebssystem aus dem Internet herunter geladen werden. Er implementiert sich bei der Installation automatisch in verschiedene Office Anwendungen und bietet neben der Internettelefonie auch die Möglichkeit, Videostreams und Sofortnachrichten verschicken zu können. Alternativ zu Texteingaben können hier sogar komplette Dateien mit Drag an Drop ins Gesprächsfenster verschoben und an den Gesprächspartner übertragen werden.
Für PDAs stehen ebenfalls zahlreiche Lösungen zur Voice over IP Software zur Verfügung. Das größte Spektrum zur Nutzung der verschiedenen Protokolle stellt SJPhoneCE zur Verfügung. Es benutzt neben hauseigenen Protokollen auch SIP, H.323, RTP und G.711 und ist damit als sehr kompatibel einzustufen. Viele Programme sind nicht nur SIP- fähig, sondern auch anderweitig kompatibel. Dadurch kann man nicht nur mit anderen Mobilfunk Usern via Voice over IP kommunizieren, sondern kann auch mit denen sprechen, die als Endgerät einen Computer benutzen.